Reeds in 1941 hield de toenmalige minister van Binnenlandse Zaken in Londen, H. van Boeijen, zich bezig met het formuleren van regels met betrekking tot de zuivering. Pas in 1944 kon het Zuiveringsbesluit van 13 januari 1944 (Staatsblad E 14) door de koningin worden ondertekend. Het regelde de zuivering van de Hoge Colleges van Staat, de Nederlandse `administratie’, de rechterlijke macht en andere organen, diensten en instellingen (staatsbedrijven of rijksinstellingen) en de Nederlandse Spoorwegen.
De maatregelen konden bestaan uit:
• berisping
• overplaatsing of rangsverlaging
• staking (staken van de werkzaamheden of uitoefenen vanberoep, met behoud van salaris)
• schorsing (met verlies van inkomsten en voorlopig wekelijks alleen een bedrag voor het noodzakelijke levensonderhoud)
• ontslag (na advies van een in te stellen Commissie van Advies, met verlies van salaris en eventueel geheel of gedeeltelijk verval van pensioenrechten; NSB’ers werden sowieso ontslagen)
In het besluit werd precies aangegeven welke functionarissen tot het nemen van welke zuiveringsmaatregel bevoegd waren. Het besluit ondervond veel kritiek van het College van Vertrouwensmannen. Het werd onvolledig bevonden, doordat bijvoorbeeld bijzondere hoogleraren en hoogleraren in het bijzonder onderwijs en dragers van ridderorden en eretekenen er niet onder vielen. Na de bevrijding werd het besluit dan ook aangevuld met de Koninklijke Besluiten van 12 mei 1945 (Staatsblad F 69), van 2 augustus 1945( Staatsblad F 132, ook wel Zuiveringsbesluit 1945 genoemd) en van oktober 1945 (Staatsblad221). In de tijd dat de staat van beleg nog gold (dat was tot 1maart 1946) konden ook door het Militair Gezag de strafmaatregelen `staking’ en `schorsing’ worden opgelegd, maar alleen een minister kon ontslaan.
In de oorlog kon bijna niemand zijn handen brandschoon houden. Zo had iedereen die zijn telefoon en girorekening wilde houden, een`niet-joodverklaring’ ondertekend. En praktisch elke ambtenaar tekende in 1940 de Ariërverklaring. Velen bleven op hun post terwijl de bezetter rechtsverkrachtende maatregelen nam. Alle grote en ook veel kleinere bedrijven hebben in meer of mindere mate met de bezetter samengewerkt voor zaken die volgens het Landoorlogreglement niet toegestaan waren. Het ging er echter bij de zuivering niet om op fanatieke wijze al degenen die `gezondigd’ hadden aan te pakken, maar om de maatschappij te zuiveren van elementen die duidelijk over de schreef gegaan waren en die op belangrijke posten zaten en door hun gedrag de Nederlandse zaak schade hadden berokkend. De zuivering kon, ook uit praktische overwegingen, in verband met de wederopbouw en benodigdheid van deskundigheid, niet al te streng doorgevoerd worden. Dat zou tot een ontwrichting van het maatschappelijk leven hebben geleid. Naar de opvatting vande één waren de na de oorlog ingestelde zuiveringscommissies niet streng genoeg en naar de opvatting van de ander juist weer te streng. Er zou sprake zijn geweest van vriendjespolitiek, ongelijke behandeling in gelijke gevallen en onnodige traagheid. Ettelijke duizenden zaken werden behandeld. Een `tussenstand’ van augustus 1946 spreekt van 27.000 aanhangig gemaakte zaken, waarvan 8.000 nog niet afgedaan; zo’n 900 personen werden gestaakt; de overigen waren ontslagen en geschorste ambtenaren. Het algemene gevoelen was dat de zuivering was mislukt, omdat uiteindelijk veelal de `kleintjes’ en de minder slimmen, die niet bijtijds het roer hadden omgegooid, werden gepakt.
De bedoeling was dat de zuivering op 1 januari 1946 afgerond zou zijn. Die termijn werd niet gehaald. Eind 1945 werden enige bevoegdheden gedecentraliceerd en gedelegeerd aan burgemeesters en commissarissen van de Koningin om de afhandeling te bespoedigen. In het kader van het Zuiveringsbesluit vond de afhandeling binnen het eigen ministerie plaats als het om rijksambtenaren ging. In de provincie mochten voortaan kleinere vergrijpen behandeld wordendoor eigen zuiveringscommissies, waarbij de commissaris van de Koningin zelf maatregelen kon nemen. Zuivering in gemeenten verliep centraal via de provincie met uitzondering van de grote gemeenten waarvan de burgemeesters dezelfde bevoegdheden kregen als de commissaris van de koningin. De zuivering van overheidsambtenaren werd pas per 1 januari 1949 beëindigd.
